レスありがとうございます。
VBAの設定も間違いなかったみたいです。

あれから色々試してました。
実は多重再生の為に、FIFOにコピーするバッファはサウンドデータと別にしていて、
TIMERのハンドラ内で手動でDMAを使ってFIFOにコピーをしてました。
鳴らないのはダイレクトサウンドAの方(ＢＧＭ用)で、
ダイレクトサウンドB(効果音用)が鳴った時に何故かAも鳴ったので
調べてみると、効果音用のTIMER1が動くと鳴ると解りました。
とりあえず、AとBのFIFOコピーにどちらもTIMER1を使用することで一応解決しました。
タイマーを分けると鳴らなくなる理由がわからないままですが。
もしやDSOUNDCTRL(0x4000082)以外にも、
TIMERとダイレクトサウンドを関連付けるレジスタがあるのでしょうか？