原因が解りました…。
DSOUNDCTRLの初期化にor演算子しか使っていなかったこと
(タイマーを指定するのに、DSOUNDCTRL |= DSOUNDCTRL_ATIMER(0)としかやってませんでした)
自分の使っているgba_sound.hのDSOUNDCTRL_ARESETが
0x0400と定義されていた事(実際は0x0800。0x0400はタイマーの指定に使用)
が原因でした…。
お騒がせしてしまってすみませんでした。