一見出来そうだけど出来ない

Armatureでなくその中のBoneを動かしてそれに各頂点を連動させて、
それを任意に自由にって動作はBGEの範疇だと出来ない

PythonでBGE用でないクラス等を使って更新しても画面に反映されない

BGEでボーンによるデフォームを行うには予めActionに動作を登録する。
BGEはそれらを任意のタイミングで自由に再生繰り返しなど出来るが、
その中までは関与できないと言うこと