proエディションにてPublishを行いましたが、マニュアルでは、
Compile EXEがオンの場合にexeを生成するとありますが、
オフにしても同様にCDフォルダに生成されます。
そして2回目のPublishで上書きを行うと、今度はオフの場合にソースコードも
コピーされるようになりました。マニュアルではオンザフライでコンパイルされると
ありますが、２回目以降が、それに該当するのでしょうか？
また、ソースコードがある場所に同様のexeファイルが生成される理由もよくわかりません。
（実行しても、dllが同じ場所にないためエラーになりますし・・・）
Engineでのパス指定？も、exeファイルがないと指定できないですし・・・

おそらく、気にせずcdフォルダの内容を公開すればいいだけかと思いますが・・・。