パーツに関して言えば、バランス崩壊を恐れてパーツごとのパラメータ差異を微小にするとカスタマイズ制は皆無になる。
ユーザに明確な変化が見えないため、「何でもいい」となる。これもまたゲーム性崩壊の要因となる。
もちろんパーツに個性をつけた場合は前レスにもあるとおり、気の遠くなるような調整が必要。

次に戦闘に関して。
細かいのはまあ良いとして、ひとつ言いたいのがユーザーが求めるものと開発者の自己満足に剥離があること。
色々細かい部位破損なんかを用意して、どうだ!これが戦略性だ!というのは限度がある。
というのも今の記載を見る限り、正直面倒くさい。
市販のゲームならそれでも美しいグラフィックや洗練されたシナリオ、演出があってよいかもしれない。
果たしてフリーのゲームでそんなに必死にやるものなのか。フリーゲームを落とすプレイヤー層を考慮しているのか。
「自分の思うゲームを完成させたい」スレなら良い経験にもなるが、「面白いゲームを作る」という点では
この時点で既に破綻している。自分が面白いゲームではなくて多くの人に面白いと思ってもらえるゲームを作りたいはず。

ジャンルからしてただでさえ、コアなところがあるのにその幅をさらに狭める。
簡単にDL出来る分、捨てられるのも早い。

大量に能力があるのもそれはそれでいいが、何度か言っているがバランスはどうなるのか。
本当にそれらの能力を有効活用できるのか。敵と戦う以上、能力ごとのバランス以外にも敵のパラメータとのバランス関係も
慎重を極めないと、簡単すぎる/難しすぎる といったことが容易に発生する。