自己レスですみません。
cocosコマンドで-l jsのプロジェクトつくってビルドしてみたら、
AndoirdのapkもiOSのipaもどちらも中にはapp.jsとresource.jsがありました。
つまり、完全にネイティブコードになるわけじゃないってことですね。