プラグインの話だと思うのですが、実のところUnityから環境ネイティブなコードを呼ぶことはそこまで大変ではないです。Android Javaコードとのやりとりはどちらもそこそこ面倒。
iOSに至っては、xcode上に追加ソースコードを貼れるので、デバッグの手間が慣れてないと戸惑うくらいですよ。

個人的にはCocos2d-xではランタイムの軽さ、オープンだけにやろうと思えば根元まで掘り起こして問題解決に取り組める安心感を持って欲しいです。

Unityは短い期間ではありますが、iOSが64bit必須にした際にバッチリリースを待つしかなかったというプロプライエタリ特有の問題もあるにはありました

無論、c2dxでも本家対応を待つと一緒ですけど