自分WindowsでAndroidStudio使ってますよ。cocos2dxが吐いたプロジェクト使って
ゲーム全般はデバッグしやすいVisualStudioで開発。JNIやJavaと実機テストapk作成でAndroidStudio使用
build.gradle Android.mk Application.mkは調整。propertiesやxmlもパスや数値が違ってたら修正