場面ごとに専用のフラグや処理を作ると考えるんじゃなくて
進行フラグや取得アイテムに応じて出す選択肢を変えると考えるんだよ
なので仕組み的にはRPGとかと同じと言える

あとはスクリプトデータのフォーマットとか作り方の問題なので
それこそノベルゲームエンジンを参考にすればいい