フラグ・クラス（というかセーブデータ・クラス）を作って、シリアライズ・デシリアライズする方法が楽だな
C#のシリアライザーやUnityのJsonでクラスがあれば、クラスまるごと簡単にファイル保存・読込できる
フラグがいくつ増えてもセーブ・ロードのコーディングしなくていい