Spineでツールのウィンドウを開け閉めしていると
ルートに対して回転や移動値が勝手に入力されることないですか？
画像のフォルダ設定指定するなどしたのちに右側のツリーを
クリックした瞬間、ルートが回転したりモーレツ移動させられることがあります。
（上下左右のショートカットが勝手に入るようです）
バージョンは3.6でも3.7でも発生します。
気を付けるしかないんかなー。