> これをすると決定キーを押す前に既にマップにキャラが座ったキャラチップが表示され主人公が二人いる状態に

不透明度を0にすればいい

> さらに椅子の位置もずれてしまっています

イベントを椅子の上に置けばいい

> 椅子に向かって決定キーを押した時だけ座ったキャラチップを表示かつ椅子の位置を合わせて表示させたいです

主人公が立ってる(self0=0)なら
@主人公の不透明度を0にする
Aイベントの不透明度を255にする
B決定キー以外のキー入力を禁止する
C座ったフラグを立てる(self0=1)

主人公が座ってる(self0=1)なら
@主人公の不透明度を255にする
Aイベントの不透明度を0にする
B決定キー以外のキー入力を許可する
C座ったフラグを下ろす(self0=0)