基本システムの話なんだろうけど
コモンの追加＆その後消しただけならそんなことは起こらないから
ほぼ確実に基本システムのコモンが上書きされてるんじゃないか
敵が出ないのは敵グループの設定がどこかでブッ飛んだか
戦闘開始と同時に全滅判定でもやっているか
敵の耐久力がゼロで配置直後に死んだとか、理由は色々考えられる
その話だけでは特定は不可能だ