もともとは、AsstesフォルダにあるPrefabを、スクリプト上で呼び出したかっただけだよね？
Sceneに配置していないPrefabを、GameObjectとして呼び出したいんだよね？？

例えば、SceneにPlayerキャラクタが既にいて、ボタン入力に応じて、
Assets内にあるShotキャラクタを呼び出して、弾丸として発射するみたいな・・・