meshinstanceの見た目が変わるとかだったらmeshinstanceの中で状態変化する処理を記述してkinematicbodyが呼びだすようにする。
さらにその処理をspatialが呼ぶ。
そのツリー構造ならkinematicbodyはcollisionとmeshを制御するメソッドを持つべきだと思う。