わざわざタスクマネージャー起動して停止しなくてもウィンドウズアプリはALT+F4で終了するよ。
普通に止めたいなら起動するとRunボタンが停止ボタンになっているからそちらで。
もし実行ファイルの裏に隠れてるならALT+TABで順番入れ替えて停止ボタン押すといい。

そうそう、変な挙動した時はRunの２つ右のクリーン（CTRL+F7)をたまにしたほうがいいね。