例えばシューティングなどで同じ敵を100体出したいとする
シーンに1体作ってあとはコピペで99体作ったとする

作ってる最中にこの敵に変更を加えたくなってきたとする
例えばタグをEnemyに変えたいとか

そうするとこの場合だと100体全てを修正しないといけなくなる

一方プレハブから100体作った場合だと
プレハブ本体を修正するだけでシーン中の100体が修正される

とかね