Unityだと、2Dも3Dも同じエディタで共存させて制作できるし、自由度も高い
物理演算が完備しているし、背景のスクロールじゃなくてカメラの方を自由に動かして操作できる
そのため、任意方向（全方向）スクロールとか、スクロール方向が変化するSTGはUnityの方が向いている

ただ、Unityだと、スコア・システムや表示まわりを一から自作しないと行けないのがかなり面倒
当たり判定も、キャラクタごとの衝突判定を検知してイベントを起こすのは結構面倒

SBなら、画面レイアウトはパーツ配置で簡単にできるし、自機や武器を簡単に設定できるし、
敵や地形に対する当たり判定もシステム側でやってくれるので、STGの土台がすでに用意されている