点滅に付いてはサンプルゲームのgsのキャラクタNo44を参考にすると良いです
因みに、スクリプトの点滅を止める場合は任意のタイミングで描画方式パネルファンクションで不透明を指定する必要があります

>スプライトのアニメーションで点滅を作ったのですが
すでにアニメーションで作っている場合、やはり任意のタイミングで描画パターンパネルで点滅していない自機のスプライトを指定すると簡単かも

例
点滅用スプライトを1（自機は描画）と2（自機消える）で登録して、アニメーションを-1とした場合

キャラクタ編集のパターン番号に　-1としてあった時
タスク内にて任意のタイミングで描画パターンパネルに1（自機描画）を入れた物へとスクリプト処理すると良いでしょう


スクリプト例
制御通過（待フレーム200）→描画パターン（パターン、アニメ番号に即値　1）

分からなかったら、また質問してみてください