Spriteset_Battle.prototype.compareEnemySprite = function(a, b) {
if (a.y !== b.y) {
return a.y - b.y;
} else {
return b.spriteId - a.spriteId;
}
};

わざわざソート用比較関数作ってんだから仕様でしょ
最初にy座標で比較して、同数値の場合はspriteIdの降順で比較している