RTSでキャラ一杯出したいのなら、AIをある程度グループとして動かすのはありよ
ゲームの勝利条件は限られてるのだから、キャラが増えてもある程度行動の規則性はあるわけだし、ゲームとして大事なのはプレイヤーには大戦に見えること

数万の軍隊を扱うゲームでもここで動いてるわけじゃないからそこらへん参考になるかな
既存ジャンル作るなら最低でもそのジャンルのゲーム3つくらいは研究したほうが良い