fbxのマテリアルタブからExtract Materialsを押して保存先を選べば、モデルと紐付けられたマテリアルが抽出できる
あとはそのマテリアルのAlbedoにカラーテクスチャ貼ればとりあえず色が塗れる
houdiniやってないからいい感じの連携はわからん

https://docs.unity3d.com/ja/2019.4/Manual/FBXImporter-Materials.html