WindowsOS側のDPIスケーリングに依存せず
ゲーム側で指定した解像度でゲームを起動させる方法はありますでしょうか。

一般的なゲームの場合はexeのプロパティからDPIの除外設定ができるのですが、
ツクールMV/MZのゲームでは同設定の効果がないようなのです。