それはundoの処理として正しいです
プロジェクトをオープンまたは作成した段階まで連打したらそうなる

もし慎重にやるなら、ある程度できた段階でユニティを閉じて、プロジェクトフォルダをアーカイブして保存方法しとくといいですよ