大体どこにメインの建物配置するかを簡単な見取り図作ってからマップ作業に入るとか。
必要な建物やマップがなにひとつイメージ出来ないなら市販ゲームの画面や世界観がリアル系なら実際の風景調べて想像膨らませたらいいんじゃないかな？

3Dの立体地形が辛いならマップ毎にカメラを固定して見える角度を固定して平面的に作るのも手。
ジャンプさせるかはゲーム性も変わるし飛び越えられて困る場所も調整がいるからどんな操作性のゲーム作ろうとしてるのか決めた方がいい。