Unity(というか多くのゲームエンジンがそうだけど)はコンポーネントから操作を行う関係上全体がどう動いてるのか想像しづらいのはあると思た(小並)
ある程度勉強したらLoveとかの小規模なゲームフレームワークを触ってみるとエンジンごとの特性を把握しやすいかも。

マップエディタとかもUnityの素で使わなくてもエディタ拡張利用して書いた方がワークフロー改善したり、
おおよそ自分の中でレベルデザインのやり方が確立してくればそれに応じて実装もできる(個人開発なら)からその辺の知識・経験が揃えばそこまで苦ではなくなるはず。