あれは3.X系と比べて重くなったであり、他の仕組みと比べてる訳じゃないからなぁ(エンジンと比べれば軽く、フレームワーク系と比べれば重い、その立ち位置は変わらない)
後、面倒くさいかもしれんけどgodotをビルドして使うなら不必要な処理を捨てられるから2D処理しかしないなら3D処理使わんと軽く出来るはず