獣医学部の新設が認可されてこなかった理由を見ると、相応の事情があるみたいね。
http://www.huffingtonpost.jp/nobuo-gohara/school-kakegakuen-problem_b_16927950.html
背景として法科大学院の大失敗があり、獣医の需要の減少の見込みがある。

その状況からすると、新設を容認する条件として石破大臣が設定した「石破４条件」は、必要な条件だと考えられる。
https://www.houdoukyoku.jp/posts/12860
とはいえ、獣医師会の新設反対の圧力のかけ方は、堂々と弁明できる内容とも思えないけど。

問題は、加計学園の申請内容が、「石破４条件」を満たすものかどうか、ではないのかな。
満たしているのなら、官邸が規制撤廃の圧力をかけたとしても隠すようなことではない。でも満たしていなかった場合は、説明するのは困難で、知人への便宜を図ったってことにもなりかねない。