>　数百キロ上空でも極めてわずかだが大気があって空気抵抗がわずかに

それは理論上の話であって実際上は空気抵抗ないと言ってもいいのでは

>　レーダーで探知

分離してもほぼ同じ軌道だから隠れられるのか疑問なのと
MDが出来る前はレーダー探知されることに意味がなかったし
MDが出来た後はレーダー探知されることが前提で分離して逃れられるとは思わないのでは