米海兵と米海軍の関係でも、上陸作戦においては必ずしも海兵隊の指揮化に海軍が入る訳ではありません。

上陸まで（事前の展開/攻撃/舟艇やヘリの発艦）は指揮権は海軍が握ります。
部隊の上陸後は、海兵側に指揮権が移ります。

よって単純に
>それぞれ所属は海自と空自だけど、統合任務の時は陸自の司令下に置くとか。

のような形では問題が起きると思われ