これまでの指摘を元にまとめてみた
このスレの集合智はなかなかではないかと

壱岐、石見 日本海海戦海域の近く
丹後、相模、肥前 鎮守府所在地
周防 児玉源太郎出身地？
薩摩 海軍は薩摩閥
安芸 呉鎮守府所在地
河内、摂津 畿内五カ国の未命名2国（大和と和泉は当時初代が就役中、山城は都で忌避？）

扶桑 日本の別称
山城 扶桑とレベルを合わせ、忌避は撤回し採用？
伊勢、日向 伊勢神宮と高天原
長門、陸奥 本州の両端
大和、武蔵 新旧の都

あとは土佐、加賀、紀伊、尾張
後二者は徳川御三家
前二者は国持大名の領国というところか？