国産にすれば何でも日本で自由にできるというのは遠い遠い昔の話。
通信・航法・識別系統、データリンク、暗号機などのコアは米軍とのインオペが必要だから
最重要部分にどうしてもブラックボックスとして買わざるを得ないものがある。
逆にいうとこれらを100％国産にすると、その機器は同盟国との共同訓練では役に立たない。
米国製の武器を一切積まない決心でもしない限り、火器管制やＳＭＳのソフトウェアも同様。

射出座席、バルカン砲などの装備品も、所詮は海外メーカと契約して日本で製造するだけだから
開発国の協力を得ずに不具合対策をすべて日本でできるわけじゃないし、改修も契約上、勝手にはできない。
電源、油圧、空調、操縦アクチュエータなんかもすべて国内で新規開発するなんてことにはならない。
一見、何の変哲もない機械部品や電子パーツ、ＩＣでもアメリカの特定メーカしか作ってないものもある。

常に臨戦態勢のイスラエルでＦ-35が運用できているのに、日本で稼働率が低くて問題が起きるとは思えない。