そもそも自分から電波を発信して、巨大な電波反射物のアンテナを載せてるのに、マストだけステルスにしても意味がないだろ。
自身の使う周波数だけ通過する素材とか、技術的なブレークスルーが出来たから、ステルスを意識するようになったんだよ。

それから、旧帝国海軍が台風などで艦橋に被害を受けた経験から、海自も艦橋構造物のデザインや構造にかなり保守的なところがある。
また予算との兼ね合いもあり、海自が出してる複合材料やシャッター構造の導入は、今のところ弾かれ続けている。