海自HPを見ると警備区が存在し、地方隊の名称も存在するんだな
哨戒ヘリもここに所属する
指摘の通り戦闘艦艇の所属はなくなったが定係港として二桁艦隊が常駐している
つまり戦闘艦艇は名目上は自衛艦隊に所属するが
実務的には総監部所管的な配置なのでしょう

護衛艦隊は4個護衛隊群を主力とし機動運用し、沿海防衛用として5個護衛隊が配備され
それを支援するのが総監部という感じです