一番自然なのは高価な最新兵器であるMSは何らかの超技術で作られた実弾を装備している、あたりか
実際にガンダリウム合金の弾丸なんていう設定をもつMSがいくつかあるし
つまり61式が弱いのは連邦軍から見放されつつあって単に技術の更新から取り残されていたから、と考えるのが妥当