どうでもいいことかもしれないが
文書管理の基本事項は保管場所を定めることだからな
艤装が同じ（棚が同じ）ならクルー制でも各艦で保管場所を棚単位で指定すれば済む話

そして書類については機材の説明書や管理のための来歴など個々の艦とセットされたファイルならどの艦も同じ棚を保管場所と指定すれば済む話
各クルーチームとセットにされた人事や給与に関するファイルならクルー交代のときに移動すれば済む話

個人が使う事務机を共用で使うようなものとクルー制を捉えていたのかもしれないが
複数人が働くちゃんとした職場で
そのうえ文書管理が厳しい公務員なら文書の保管位置を明示するのは法的にも必要とされてる
よって文書保管場所を原因とするクルー制否定論は成立しない
クルーが入れ替わったらどの書類がどこにあるかわからないようでは公文書管理ができてないと糾弾されるからな