1942年10月26日、南太平洋海戦で南雲がのる空母翔鶴に450㎏爆弾4発が命中。翔鶴は沈没せず南雲は指揮を角田に移譲し戦場離脱退散。
その後、南雲は戻ってきて瑞鶴に乗り換えた。
11月11日、第3艦隊司令長官は小沢治三郎に交代し南雲は佐世保鎮守府司令長官に移動