６月５日００００時（第一次攻撃隊発進の１時間半前）における南雲長官が下した情勢判断は以下の通り。

（１）敵艦隊は、我がミッドウェー攻略作戦が始まれば出動して反撃してくる算がある。
（２）敵の飛行索敵は西方・南方を主とし、北西方・北方は厳重でないと認める。
（３）敵の哨戒圏は約５００浬と推定する。
（４）敵は我が企図を察知せず。少なくとも機動部隊は敵に発見されていないと認める。
（５）敵機動部隊が付近海面に行動中と推定する資料はない。
（６）我はまず、ミッドウェーを空襲し、敵の基地航空兵力を壊滅して上陸作戦に協力した後、
　　　敵機動部隊に対処し、これを撃滅することが可能である。
（７）敵基地航空兵力の反撃は、我が上空直衛戦闘機と対空砲火によって、撃退することが出来る。