昭和17年4月の聯合艦隊編制は色々変更されていますけど、
この時点で第三航空戦隊を廃止する必要があったんですかね？

ここまで日本空母の損失は無く、昭和17年末までに隼鷹、飛鷹、龍鳳、大鷹型3隻が就役予定。
第一戦空母として使用困難な鳳翔と大鷹型を除いてても、艦隊型空母が12隻になる。

従来どおり空母2隻を基本に空母航空戦隊を編制するなら、司令部は6個必要になりますから。
戦隊司令部をいったん廃止して、また設立するのは効率が悪いかと思います。
(この時点で既に、将来の空母航空戦隊を空母3隻で編制する腹案あったなら分かりますが)