1960年代に入り、当時のブラジル軍事政権が開始したアマゾン開発は先住民族に大打撃を与えました。
森林の商業伐採、牧草地の開発、ダムや鉄道・道路建設などが進み、先住民族は土地を追われ、居住地域を分断され、伝統的生活が維持できない状況に追い込まれました。
1970年代終わり頃からアマゾン川流域で砂金採掘が活発化し、採掘中に使用される金属水銀による環境汚染が起こり約3000トンのもの水銀が放出されたとみられ、先住民族をはじめアマゾン川流域に暮らす人びとへの健康被害が確認されています。
アマゾンには先住民族や、いまも外部との接触を持たない未接触民族の人びとが存在します。現在彼らは、入植者が持ち込んだ結核やマラリアなどの疫病、開発業者による虐殺にさらされています。