やはり、F-3とGCAPは、同一機体でエンジン・レーダー等別でしょう。
xf9-1系統を搭載したMHI F-3試作機をまず飛ばす。建前としてGCAP試作機と発表。
ps://hitomaru10.livedoor.blog/archives/29522736.html
10年程度で４本パイプエンジン？を英伊日で共同開発。ただし推力はF110以下。まあ開発できれば
ですが。試作機のxf9-1系統でF110以下の推力のシュミレーションは可能。
ps://www.japcc.org/articles/global-combat-air-programme/ 英伊空軍：「GCAPはF-35の競合
機種でも代替機種でもなく協調的かつ補完的なもの」と米に配慮していて、搭載量・航続距離以外は
それほど高性能ではないと思います。(特にエンジン性能は英伊日米で話し合っているはず)
英伊は輸出したいのでF-3の商用版GCAPを開発。技術漏洩対策等に手間取ったり、NATO諸国間の
政治的なゴタゴタに巻き込まれて配備は2040年ならましでしょう。英伊配備機もGCAP機。
2040年だとF110以下なら他国への輸出や技術移転・製造参加もしやすいので販売は楽になります。

F-3が迎撃高速飛行、高負荷運用ならxf9-1系統一択。10年先でもF119以上のエンジンとその機体は
日本も技術流出を恐れて米国も絶対阻止してくるので政治的に技術移転や輸出はできないでしょう。
トラブルが出ても国内なら対処・改善しやすいです。F-3は輸出前提で設計されていないはずで、
輸出しないなら技術漏洩対策も低くていいです(F-22と同じ)。日本防衛特化型ならハード・ソフト
もほぼ日本製でよく2035年までに配備。輸出しないなら高性能機を作っても米は黙認です。

日本としては単純に、F-3の長期維持のために同一機体を増やしたいだけでしょう。と推測します。