そうだな考えられることとすれば、
激指を起動してメモリをほとんど激指が持って行って
そのあとにやねうら王を起動したとか

Ponderだっけ？相手の手番でも考える設定が激指だけに設定されていて
やねうら王の使用CPUパーセンテージが半分または極端に低いとか

おなじPCで二つのソフトを動かすのはきちんと設定しないと不公平になるよね
その時のシステムモニタをリアルタイムで見てみないことにはなんとも