571ですが、原因が分かったので書いときます
なお対処方法はなし

3.0のファイルを他のバージョンで開いた時点で、頂点グループはすべて失われます

その後保存しないで3.0で開き直しても元に戻りません。

結局ずっと前に生き残ってたバックアップファイルから作り直しました
みなさんも気をつけて