アンカー漏れましたが>>257宛です。

また書いた後気がつきましたが、オブジェクトをEmptyの子としてまとめておいて、親のEmptyを階層削除すれば
RigidBodyWorld / RigidBodyConstraintコレクションからも削除されます。

これが一番管理上良い気がします。

https://i.imgur.com/qoJuFIF.jpg


コレクションはフォルダ的な親-子っぽい挙動と、ただのラベルのような挙動が混じっていてややこしい・・・