あーしまった、何を使ってQueryPerformanceCounterの周波数調べるか書いてなかった
QueryPerformanceFrequency使うと調べられます。
なお、高分解能パフォーマンスカウンタは今までサポートしていない環境を見たことがありません
(CEも業務で数種扱ってますが全て使えました)

あと、使う値はLONGLONGで定義してキャストするほうが楽です
こんな感じ

LARGE_INTEGER llStartTime, llEndTime;
LARGE_INTEGER llCounter;
DWORD dwTime;
DWORD dwKeta = 1000; //ここを好きな桁に変更してください。1000だと1msec単位、1000000で0.001msec単位
bRet = QueryPerformanceFrequency((LARGE_INTEGER*)&llCounter);
〜略〜
QueryPerformanceCounter(LARGE_INTEGER*)&llStartTime);
〜略〜
QueryPerformanceCounter(LARGE_INTEGER*)&llEndTime);
dwTime = (DWORD)((llEndTime - llStartTime) * dwKeta / llCounter);