ちょっとＤＳをつついてみようかと、devkitproを入れたんですが、
コマンドが干渉しているのかGBAのプログラムのmakeができなくなってしまいました。
(dumping stack track…gcc.exeって出てくる)

一応make前に環境変数を書き換えて対応しているのですが、もっとスマートな方法ないでしょうか