普通がどうなのかは知らないけど、個人的にはゲームの実行ファイルが
存在するフォルダ内のどっかに保存してもらえると有難い。
レジストリ使われるのはあんまり好きじゃない。
フリゲや体験版なら特に、不要になったら何も考えんとフォルダごとゴミ箱
ポイできる方が良いんでないかなあ。
セーブデータとかを簡単に別のPCに移せるという利点もあるよ。

ノベルツールの仕様で強制的にレジストリを使用する…とかいう場合なら
ドキュメントに後片付けの方法を書いておけば問題ないと思う。