まずはプロットからじゃね?
コミックスの巻末みたいなの。あれ汚すぎてまともに読んでないけど。

正ヒロインルートの1番目はまんまNHKにようこそ!(アニメ版)にして、
クリアしたら複数分岐が出るようにしてやれば、
まずは最初にシナリオ1本書いちゃってってのもありじゃね?
エロゲってそんな感じで今の発展があるんでしょ?

まったくシナリオ書いたこと無いけど書いてみたいwww