表示は、スプライトの表示関数を共通化して2.5D変換
マウスの入力は2.5D変換後の座標で扱うか、逆変換して元の座標系でやる
(逆変換した場合の矩形範囲選択は平行四辺形になる)
ユニットなど細かいものにかんしては、選択時には形状は無視して点で扱う

基本、入力と表示の２箇所の変更だけだけど、どうかな？