＞それともシーンをDestroyすると完全に消えるとかあるんですかね

んーと、シーンのDestroy？
ちなみにUnloadする場合、非同期なのでシーンのUnloadをまって処理するとかの場合には
製作途中で得たUnityのミニ知識を披露するスレの４４あたりにやり方書いてあるので、参考にしてみて
https://mevius.5ch.net/test/read.cgi/gamedev/1511784235/44